Η ορθή διακυβέρνηση είναι μία από τις βασικές αξίες του Ασύλου Ανιάτων, καθώς αποτελεί προϋπόθεση για την αποτελεσματικότητα ενός οργανισμού και την ανάπτυξη και διατήρηση σχέσεων εμπιστοσύνης με την κοινωνία των πολιτών. Οι διαδικασίες λήψης αποφάσεων χαρακτηρίζονται από διαφάνεια και νομιμότητα, με τη λειτουργία ενός αποτελεσματικού συστήματος εσωτερικού ελέγχου και την εποπτεία από Κυβερνητικό επίτροπο του Δήμου Αθηναίων που παρίσταται για τον έλεγχο της νομιμότητας των συνεδριάσεων του Διοικητικού Συμβουλίου.